از حکام دوره بعد یعنی دوره آل مظفر تنها یک مسجد در محله سردزک وجود دارد که در قرن هفتم ساخته شده وبه مسجد شیخ جنید (شیخ جونی ) شهرت دارد. به علاوه در این در این دوران در وسط مسجد جامع عتیق بنای خدایخانه (دار المصحف ) ساخته شده است.
در دوران صفویه مسجد جامع عتیق همچنان مقام اول مذهبی خود را در شهر شیراز حفظ کرد ورسمی شدن آیین تشیع به کتیبه های آن رنگ وروغنی دیگر بخشیده ورونق بیشتری یافت به طوری که درب شمالی آن به در ب دوازده امام معروف گردید. در دوره زندیه ، مسجد وکیل که به آن مسجد سلطانی یا جامع وکیل هم می گفته اند توسط کریم خان زند در کنار بازار وکیل ساخته شد که از نظر کاشی کاری یکی از شاهکارهای هنری ومعماری ایران است هم چنین در این دوران علاوه بر مسجد وکیل توسط بزرگان وسران ایل زندیه بناهایی از قبیل مسجد ساخته شد که از جمله مسجد شیخ علی خان در محله اسحق بیگ می باشد که در در حال حاضر تغییر شکل یافته واصالت تاریخی آن از بین رفته است ، لیکن این مسجد چنانچه گفته شد از بناهای دوره زندیه است که در خیابان لطفعلی خان زند در فاصله بین مدرسه خان ومدرسه قوام واقع شده است.