همچنین در کنار بقاع امامزادگان قبور بزرگا ن ومشاهیرعلم وادب وخانقاه های متعددی به جای مانده که به عنوان عناصر فرهنگی مذهبی درگوشه وکنار بافت قدیم شهر واقع شده اند. هم چنین آرامگاه حافظ که نخستین بار یکی از شاهزادگان تیموری بر فراز قبر وی عمارت وگنبدی بنا کردودر دوره صفویه تعمیر گردید اما ساختمان اصلی آرامگاه حافظ در زمان کریم خان زند شکل گرفت ود رسال 1317 شمسی آرامگاه فعلی حافظ ساخته شد وامروزه به عنوان شاخص ترین بنای تاریخی وفرهنگی اهمیت دارد.علاوه برآرامگاه حافظ که در بیرون از محدوده بافت قدیم در دامنه کوه چهل مقام واقع شده است،دیگر خانقاه سعدی که هم اکنون به عنوان آرامگاه این شاعر نامدار قرار گرفته وساختمان فعلی آن در دوران معاصر یعنی در سال 1331 شمسی ساخته شد ،همچنین خانقاه بابا کوهی از عرفای قرن چهارم هجری که مقبره آن بر فراز کوه بابا کوهی واقع شده ودر سال های اخیر مورد بهسازی وتجدید بنا قرار گرفته است همچنین می توان از آرامگاه خواجوی کرمانی نام برد که در حاشیه بنای تاریخی دروازه قر آن واقع شده ودر دوران اخیر مورد باز سازی وتجدید عمارت قرار گرفته است.
از دیگر خانقاه های شیراز می توان از آرامگاه شاه داعی الله نام برد که ساختمان این بقعه در زمان کریم خان زند تجدید بنا گردید ، ولی در دوران اخیر نیز مورد بهسازی ومرمت قرار گرفته است. هم چنین می توان از خانقاه شیخ روز بهان نام برد که در محله درب شیخ قرار گرفته ومحل دفن وی نیز
می باشد که آرامگاه فعلی آن در این محل خانقاه در سال 1345 شمسی ساخته شده است.
خانقاه شیخ کبیر هم که در قبرستان ابن خفیف در پشت بازار وکیل قرار گرفته وهم اکنون به عنوان آرامگاه این عارف نامی شهرت دارد.همچنین بقعه سید حسن کیا از جمله بقاعی است که حمد الله مستوفی آن را در شمار بقاع مشهور شیراز آورده وهم اکنون به صورت بقعه کوچکی بین بازار وکیل ومسجد وکیل قرار گرفته ودر بین مردم به مقبره سید حسن کیا شهرت دارد.
همچنین باید از خانقاه ومقبره شیخ ابوذرعه اردبیلی نام برد که معاصر شیخ کبیر بوده و در منابع تاریخی ،خانقاه وی از اماکن مقدسه ومحل اقامت ورفت وآمد زهاد وعرفا بود وهم اکنون آرامگاه وی در همان محل خانقاه قرار داشته که در قسمت شرقی بافت قدیم ونزدیک حصار قدیمی شهر واقع شده است